1st Faculty of Medicine Charles University 1st Faculty of Medicine Charles University BIOCEV
tstopka 30.05.2017

classes "Proteomics"/ vyuka proteomika (Dr. Petrak)

Předmět PROTEOMIKA je přednášen v rámci PřFUK vždy v zimním semestru. 

doc. RNDr. Jiří Petrák, Ph.D.

BIOCEV

Tel: 325 873 011

jpetr@lf1.cuni.cz

Proteomika-úvod do studia

  • Úvod do studia – Proteomika-historie a současnost [PDF]

Materiály k přednáškám Proteomika 2016

  • Proteomika a základy práce s bílkovinami  [PDF]
  • elektroforézy, 2-DE   [PDF]
  • Digesce a identifikace proteinu z gelu [PDF] 
  • MS-principy, instrumentace a metody (Dr. Petr Man)   [PDF]
  • MS v proteomice (Dr. Petr Man)   [PDF]
  • Shot-gun přístupy a kvantifikace  [PDF]
  • Shot-gun dokončení a úvod do membrán [PDF]
  • Membrány a proteinové komplexy [PDF]
  • Speciální metody a klinická proteomika  [PDF]

PRAKTIKA

Doporučená literatura:

Draft lidského proteomu (Nature 2014)
  • Kustler et al. - Kompilace proteomických dat_18000 proteinů [PDF]
  • Pandey et al. - Profilování 30 lidských tkání_18000 proteinů [PDF]

10 000 proteinů najednou, systémová biologie, vztah mRNA:protein

  • 10000 proteinů najednou (Beck et al) ) [PDF]
  • 10000 proteinů najednou ale jinak (Mann et al) [PDF]
  • Proteom kvasinky [PDF]
  • Systems biology - vztah mRNA/protein [PDF]
  • 2-DE

  • Current two-dimensional electrophoresis technology for proteomics [PDF]
  • Sypro versus ruthenium [PDF]
  • Which stain and when Proteomics 2006 [PDF]
  • 2-DE with IPGs [PDF]
  •  

    Shot-gun metody

  • Shot-gun proteomika-review 2013 [PDF]
  • iTRAQ brochure [PDF]
  • Mass Spectrometry and Protein Analysis [PDF]
  • Qconcats 2005 [PDF]
  • SILAC 2006 [PDF]
  •  stable isotope labeling [PDF]
  • MRM a biomarkery [PDF]
  • Kvantitativní proteomika a metabolické značení [PDF]
  • Kvantitativní MS - review [PDF]
  • Tutorial - SRM/MRM-selected reaction monitoring [PDF]
  • Nativní metody a proteinové komplexy

  • Blue native ELFO [PDF]¨
  • Quick [PDF]
  • Nativní elektroforetické techniky [PDF]
  • Clear native electrophoresis [PDF]
  • Tandem affinity purification [PDF]
  • Proteomika membrán

  • Proteomika transmembránových proteinů 2016 [PDF]
  • Proteomika transmembránovych proteinů-review [PDF]
  • Povrchové značeni membrán Wollscheid [PDF]
  • Proteomika plazmatické membrány [PDF]
  • Membranove proteiny -analyza  transmembranovych domeny [PDF] 
  • Post-translační modifikace

  • Analytické strategie pro fosfoproteiny [PDF]
  • Analyza PTM a frakcionace [PDF]
  • Fosforylace a strategie [PDF]
  • Obohacovani glykopeptidu [PDF]
  • PTM a databaze [PDF]
  • Různé

  • Proteomics in 2016 [PDF]
  • Ovarian cancer biomarkers by protein arrays 2007 PNAS [PDF]
  • Protein Purification Handbook [PDF]
  • Metody deplece majoritnich proteinu ze sera a plazmy [PDF]
  • Detergenty a fázová separace [PDF]
  • Afinitní chromatografie - manuál GE [PDF]
  • TOP-DOWN review 1 [PDF]
  • TOP-DOWN review 2 [PDF]
  • TOP-DOWN identifikace více než 3000 proteoforem [PDF]
  • Metody stanovení koncentrace proteinů (kdy a jak?) [PDF]
  • number of views: 361 last modification: tstopka, 30.05.2017
    Page ranking: If you think the article is not up-to-date, click here.