Předmět PROTEOMIKA je přednášen v rámci PřFUK vždy v zimním semestru.
Jiří Petrák, Ph.D
BIOCEV
Tel: 325 873 011
jpetr@lf1.cuni.cz
- Úvod do studia – Proteomika-historie [PDF]
Proteomika, Metody práce s bílkovinami (Petrák 16/10) [PDF]
Značení proteinů, separační metody, digesce a principy ID bílkovin pomocí MS (Petrák 23/10) [PDF]
Principy hmotnostní spektrometrie, instrumentace (Man 30/10 ) [PDF]
Hmotnostní spektrometrie v proteomice, analýza PTM (Man 6/11) [PDF]
ID proteinů, akvizice dat, DDA, DIA, databáze, FDR, Label-free kvantifikace (Talacko 13/11) [PDF]
Kvantifikace pomocí multiplexingu a stabilních izotopů, cílená proteomika (Harant 20/11) [PDF]
Design experimentu, zpracování dat, statistika, bioinformatika. Single cell proteomics (Harant 27/11) [PDF]
Příprava vzorku, proteomika membránových proteinů, proteinové komplexy (Petrák 4/12) [PDF]
Proteinové komplexy, speciální izotopové metody, klinická proteomika, biomarkery (Petrák 11/12) [PDF]
Introducion to current proteomics (2023)
- Shuken SR et al. - Introduction to mass spectrometry-based proteomics [PDF]
Draft lidského proteomu (Nature 2014)
- Kustler et al. - Kompilace proteomických dat_18000 proteinů [PDF]
- Pandey et al. - Profilování 30 lidských tkání_18000 proteinů [PDF]
10 000 proteinů najednou, systémová biologie, vztah mRNA:protein
10000 proteinů najednou (Beck et al) ) [PDF] 10000 proteinů najednou ale jinak (Mann et al) [PDF] Proteom kvasinky [PDF] Systems biology - vztah mRNA/protein [PDF] Vztah mRNA a protein (2020) [PDF]
Shot-gun metody
Isobaric labeling - iTRAQ and TMT review [PDF]
Shot-gun proteomika-review 2013 [PDF] Super SILAC review [PDF]
Mass Spectrometry and Protein Analysis [PDF] SILAC review [PDF] Kvantitativní MS - review [PDF] Tutorial - SRM/MRM-selected reaction monitoring [PDF]
Statistika v kvantitativních analýzách [PDF] False discovery rate [PDF]
Nativní metody a proteinové komplexy
Blue native ELFO [PDF] Clear native electrophoresis [PDF] Tandem affinity purification [PDF]
Proteomika membrán
Proteomika transmembránových proteinů - review [PDF] Práce s transmembránovými proteiny obecně -review [PDF] Membranove proteiny - analyza transmembranovych domen [PDF]
Post-translační modifikace
Analyza PTM review [PDF] Fosforylace a strategie [PDF] Obohacovani glykopeptidu [PDF]
Chromatografické separace - manuály GE
Afinitní chromatografie 1 [PDF] Afinitní chromatografie 2 [PDF] Afinitní chromatografie 3 [PDF] Iontoměničová chromatografie [PDF] Gelová filtrace [PDF] Hydrofobní interakce a reverzní fáze [PDF]
Různé
Co jsou to proteoformy a kolik jich je? [PDF] Kovalentní značení proteinů [PDF] Protein Purification Handbook [PDF] TOP-DOWN review 1 [PDF] TOP-DOWN review 2 [PDF] TOP-DOWN identifikace více než 3000 proteoforem [PDF] Metody stanovení koncentrace proteinů (kdy a jak?) [PDF]
#####################