Předmět PROTEOMIKA je přednášen v rámci PřFUK vždy v zimním semestru.
Jiří Petrák, Ph.D
BIOCEV
Tel: 325 873 011
jpetr@lf1.cuni.cz
Proteomika, Metody práce s bílkovinami (Petrák 6/10/2025) [PDF]
Značení proteinů, separační metody, digesce a principy ID bílkovin pomocí MS (Petrák 13/10/2025) [PDF]
Principy hmotnostní spektrometrie, instrumentace (Man 20/10/2025) [PDF]
Hmotnostní spektrometrie v proteomice, analýza PTM (Man 27/10/2025) [PDF]
ID proteinů, akvizice dat, DDA, DIA, databáze, FDR, Label-free kvantifikace (Talacko, 3/10/2025) [PDF]
Kvantifikace pomocí multiplexingu a stabilních izotopů, cílená proteomika (Harant, 10/10/2025) [PDF]
Design experimentu, zpracování dat, statistika, bioinformatika. Single cell proteomics (Harant, 24/10/2025, 2024) [PDF]
Příprava vzorku, proteomika membránových proteinů (Petrák,1/12/2025) [PDF]
Proteinové komplexy, speciální izotopové metody, klinická proteomika, biomarkery (Petrák, 8/12/2025 ) [PDF]
Recentní reviews MS-based proteomiky
- Mann et. al - MS-based proteomics (2024) [PDF]
- Shuken et al. Introduction to MS-based proteomics (2023) [PDF]
Lidský proteom_současný stav poznání
- Kustler et al. - Kompilace proteomických dat_18000 proteinů [PDF]
- Pandey et al. - Profilování 30 lidských tkání_18000 proteinů [PDF]
- Jiang et al.- A Quantitative Proteome Map of the Human Body 2020 [PDF]
10 000 proteinů najednou, systémová biologie, vztah mRNA:protein
10000 proteinů najednou (Beck et al) ) [PDF] 10000 proteinů najednou ale jinak (Mann et al) [PDF] Systems biology - vztah mRNA/protein [PDF] Vztah mRNA a protein (2020) [PDF]
Kvantifikace a cílené metody, decoy databáze a FDR
Isobaric labeling - iTRAQ and TMT review [PDF]
Shot-gun proteomika-review 2013 [PDF] Super SILAC review [PDF]
Mass Spectrometry and Protein Analysis [PDF] SILAC review [PDF] Kvantitativní MS - review [PDF] Tutorial - SRM/MRM-selected reaction monitoring [PDF]
Statistika v kvantitativních analýzách [PDF] Protein Inference (od peptidů k proteinu) [PDF] Decoy databáze a FDR [PDF] False discovery rate [PDF]
Proteinové komplexy
Tandem affinity purification [PDF]
Proteomika membrán
Proteomika transmembránových proteinů - review [PDF] Práce s transmembránovými proteiny obecně -review [PDF] Membranove proteiny - analyza transmembranovych domen [PDF]
Post-translační modifikace
Analyza PTM review [PDF] Fosforylace a strategie [PDF] Obohacovani glykopeptidu [PDF]
Chromatografické separace - manuály GE
Afinitní chromatografie 1 [PDF] Afinitní chromatografie 2 [PDF] Afinitní chromatografie 3 [PDF] Iontoměničová chromatografie [PDF] Gelová filtrace [PDF] Hydrofobní interakce a reverzní fáze [PDF]
Různé
Co jsou to proteoformy a kolik jich je? [PDF] Kovalentní značení proteinů [PDF] Protein Purification Handbook [PDF] TOP-DOWN review 1 [PDF] TOP-DOWN review 2 [PDF] TOP-DOWN identifikace více než 3000 proteoforem [PDF] Metody stanovení koncentrace proteinů (kdy a jak?) [PDF]
#####################